Considerando a complexidade e a diversidade das atividades governamentais antes do início da auditoria é necessário definir a sua natureza, época de realização, escopo, extensão dos procedimentos e número de componentes da equipe.
Dentre os principais desafios do processo de planejamento da auditoria podemos citas a complexidade das operações contábeis, a concentração das decisões operacionais e financeiras unificadas em um só funcionário. Sendo que, a superação destes desafios e de outros podem ser melhores superados por meio de um planejamento de auditoria bem estruturado.

Em sede de planejamento (PAINT) definir a natureza, período de realização, escopo, extensão do procedimento e número de componentes da equipe. O planejamento considera ainda a avaliação de materialidade, risco e relevância das ações auditadas. Matriz de Planejamento. Dentre os desafios se percebe conhecer o órgão dentre suas atividades finalísticas e estrutura de gestão, bem como diagnosticar os riscos da auditoria. Ademias, deve ser desenvolvido o Plano de trabalho com o conjunto de ações finitas e executáveis com um objetivo específico, com a descrição de roteiro detalhado das ações que deverão ser executadas pela equipe, nas auditorias e fiscalizações, garantindo assim uma avaliação abrangente e eficaz.

O planejamento de auditoria na administração pública é um processo crucial para garantir a eficácia e a eficiência das avaliações realizadas. Ele envolve a definição clara dos objetivos da auditoria, o escopo detalhado dos processos a serem avaliados e a elaboração de um plano que inclui cronograma, alocação de recursos e responsabilidades da equipe. Além disso, é essencial realizar uma avaliação rigorosa dos riscos envolvidos, selecionar técnicas de auditoria apropriadas e preparar uma equipe qualificada para realizar o trabalho. A comunicação e a aprovação do plano com as partes interessadas são passos importantes para garantir o alinhamento e o apoio necessário. Um planejamento bem elaborado proporciona uma base sólida para conduzir uma auditoria efetiva e gerar resultados significativos, contribuindo para a transparência, responsabilidade e melhoria contínua na gestão dos recursos públicos.

O planejamento de auditorias na administração pública brasileira segue princípios estabelecidos por órgãos de controle. Esse processo considera a complexidade e diversidade das atividades governamentais, abrangendo passos como definição de objetivos, identificação de riscos, seleção de metodologia e elaboração de plano de trabalho.
Os incluem a complexidade das atividades, desafios de documentação, resistência a auditorias, limitações orçamentárias e mudanças legais. As estratégias incluem uso de especialistas, priorização de áreas críticas, desenvolvimento de relações colaborativas, adaptação a limitações orçamentárias e atualização constante diante de mudanças legais. Essas abordagens visam garantir uma avaliação abrangente e eficaz, melhorando a eficiência e a transparência na administração pública.

O planejamento é a primeira etapa a ser pensada antes das atividades de controle serem iniciadas no âmbito da administração pública, pois é necessário definir as características do que será auditado, quando, por quem e os objetivos a serem alcançados. Para que isso ocorra, é indispensável que sejam avaliados a materialidade, o risco e a relevância das ações auditadas, possibilitando a alocação de recursos e definição de tempo satisfatório para a realização da auditoria.
Os principais desafios enfrentados relacionam-se com a possibilidade do auditor realizar um parecer inaquedado baseado em registros contábeis insuficientes ou incorretos. O conhecimento apropriado sobre o órgão, o acesso irrestrito às informações e sistemas para realizar uma análise com independência e imparcialidade e a revisão do planejamento, caso seja necessário, auxiliam no enfrentamento aos desafios encontrados na execução da auditoria.

O planejamento da auditoria considera as estratégias, os objetivos, as metas da organização, os riscos a que os processos da unidade auditada estão sujeitos, além das expectativas dos destinatários dos trabalhos de auditoria (a alta administração, os gestores e a sociedade). É essencial que o a auditoria, durante o planejamento, concentre seus esforços nas áreas e atividades cujo alcance dos objetivos pode ser mais fortemente impactado por eventos internos ou externos, ou seja, nas áreas de maior risco.
Destacam-se dentre os principais desafios enfrentados no processo de planejamento da auditoria as falhas nos levantamentos preliminares e as falhas na análise dos principais riscos e das medidas de controles existentes. Esses desafios podem ser superados com a revisão do planejamento.

As ações de controle precisam ser bem planejadas para que possam ter um resultado eficaz; por isso, o planejamento é etapa fundamental para o sucesso da auditoria. Antes de elaborar o plano que guiará os trabalhos de auditoria, o auditor precisa estar preparado e conhecer melhor a entidade que será auditada. Portanto, o auditor precisa entender as transações que podem ter efeitos importantes sobre os resultados da entidade. Esse conhecimento permite ao auditor fornecer ajuda valiosa à administração e/ou conselho de administração, visando superar o desafio para garantir uma avaliação abrangente e eficaz.

O planejamento deve ser conduzido considerando especialmente o conhecimento detalhado dos sistemas contábil e de controles internos da entidade; a existência de entidades associadas e partes relacionadas que estejam no âmbito dos exames da auditoria interna; o uso do trabalho de especialistas e outros auditores; os ciclos operacionais da entidade relacionados com volume de transações; o conhecimento das atividades operacionais da entidade e por fim o conhecimento da execução orçamentária, tanto operacional como de investimentos.

O planejamento exige é preciso fazer um estudo e definir a natureza, a época, a equipe, o risco e a relevância das ações que serão auditadas, enfim é uma etapa fundamental para se ter um bom resultado. É muito importante que a equipe se prepare e que conheça bem os procedimentos da área que será auditada para uma melhor avaliação dos riscos, averiguação das medidas de desempenho, tudo para fornecer à administração as informações mais precisas.
Um risco de auditoria acontece quando o auditor faz uma análise errônea sobre as algum procedimento e acaba não detectando e consequentemente acaba concluindo a inexistência do risco, por isso é muito importante que a administração tenha um bom controle interno, quanto mais preciso são os controles, melhores serão as chances de a auditoria executar um trabalho mais eficiente e eficaz. Com um planejamento bem feito as ações governamentais terão respostas e poderão dar prioridade nos principais problemas apontados pelos estudos tecnicamente realizados.