O auditor precisa se preparar pra os trabalhos de auditoria, uma parte essencial para esse trabalho começa por conhecer melhor a unidade auditada. Os controles internos da entidade devem ser avaliados. As ações de auditoria são pensadas para obter uma segurança razoável.
Para uma auditoria eficaz várias medidas devem ser tomadas: uma avaliação de riscos adequada possibilita antever falhas que possam afetar os resultados da auditoria.
O planejamento deve considerar todos os fatores relevantes na execução dos trabalhos, em especial: o conhecimento detalhado dos sistemas contábil e de controles internos da entidade e seu grau de confiabilidade; a natureza, oportunidade e extensão dos procedimentos de auditoria interna a serem aplicados; a existência de entidades associadas; o uso do trabalho de especialistas e outros auditores; dentre vários outros detalhes que são essenciais para uma auditoria exitosa.

Na administração pública o planejamento é efetuado a partir da definição do problema a ser abordado, da questão ou questões a serem levantadas. A partir daí se define o escopo, a extensão, profundidade, recursos, pessoal, tempo necessário para a conclusão. Na etapa do planejamento deve-se levantar as informações necessárias para o desenvolvimento dos trabalhos, e quais as fontes a serem pesquisadas, quais os procedimentos a serem utilizados, técnicas para a análise dos dados coletados, possíveis limitações quanto à estratégica, acesso às pessoas auditadas e informações, e finalmente, o que se pretende atingir, quais resultados podem ser alcançados. Vários desafios se colocam na etapa do planejamento, como existência compensadora de custo/benefício na investigação, quantitativo de pessoal alocado, expertise dos auditores, acesso às fontes de informação, técnicas adequadas para cada âmbito de investigação (indagação, entrevista, análise de registros e documentos, conferencia de cálculos, confirmação junto a outras fontes, observação física, testes de laboratório, entre outras). A investigação abrangente e eficaz é determinada, muitas vezes, num planejamento elaborado de forma correta, avaliando o órgão a ser auditado, as normas norteadoras, os sistemas de controle interno, os procedimentos internos operacionais próprios do orgão, orçamento financeiro e contábil, enfim o problema a ser abordado e a escolha de técnicas e procedimentos adequados.

Quando se fala em planejamento da auditoria devemos considerar uma série de fatores, internos e externos ao órgão de controle, a ser executado na administração pública, considerando a complexidade e a diversidade das atividades governamentais. Assim, esse planejamento é considerado levando-se em conta o conhecimento detalhado dos sistemas contábil e de controles internos da entidade e seu grau de confiabilidade, a natureza, oportunidade e extensão dos procedimentos de auditoria interna a serem aplicados, a existência de entidades associadas, uso do trabalho de especialistas e outros auditores, entendimento dos ciclos operacionais da entidade, conhecimento das atividades operacionais da entidade fiscalizada e conhecimento da execução orçamentária (operacional e investimentos).
Os principais desafios enfrentados no processo de planejamento da auditoria são pertinentes à possibilidade de emissões errôneas do auditor acerca de demonstrações contábeis significativamente incorretas, a complexidade das atividades, desafios de verificação de ampla documentação, resistência à fiscalização e limitações orçamentárias.
A superação desses desafios passa pela busca constate do órgão fiscalizador em aprimorar conhecimentos, treinamento de pessoal, acesso irrestrito às informações e sistemas para concretizar uma análise imparcial, melhoria nos sistemas de informática para estruturação de informações estratégicas em bancos de dados, aprimorar o planejamento e agregar práticas exitosas de fiscalização.

Considerando a complexidade e a diversidade das atividades governamentais antes do início da auditoria é necessário definir a sua natureza, época de realização, escopo, extensão dos procedimentos e número de componentes da equipe.
Dentre os principais desafios do processo de planejamento da auditoria podemos citas a complexidade das operações contábeis, a concentração das decisões operacionais e financeiras unificadas em um só funcionário. Sendo que, a superação destes desafios e de outros podem ser melhores superados por meio de um planejamento de auditoria bem estruturado.

Em sede de planejamento (PAINT) definir a natureza, período de realização, escopo, extensão do procedimento e número de componentes da equipe. O planejamento considera ainda a avaliação de materialidade, risco e relevância das ações auditadas. Matriz de Planejamento. Dentre os desafios se percebe conhecer o órgão dentre suas atividades finalísticas e estrutura de gestão, bem como diagnosticar os riscos da auditoria. Ademias, deve ser desenvolvido o Plano de trabalho com o conjunto de ações finitas e executáveis com um objetivo específico, com a descrição de roteiro detalhado das ações que deverão ser executadas pela equipe, nas auditorias e fiscalizações, garantindo assim uma avaliação abrangente e eficaz.

O planejamento de auditoria na administração pública é um processo crucial para garantir a eficácia e a eficiência das avaliações realizadas. Ele envolve a definição clara dos objetivos da auditoria, o escopo detalhado dos processos a serem avaliados e a elaboração de um plano que inclui cronograma, alocação de recursos e responsabilidades da equipe. Além disso, é essencial realizar uma avaliação rigorosa dos riscos envolvidos, selecionar técnicas de auditoria apropriadas e preparar uma equipe qualificada para realizar o trabalho. A comunicação e a aprovação do plano com as partes interessadas são passos importantes para garantir o alinhamento e o apoio necessário. Um planejamento bem elaborado proporciona uma base sólida para conduzir uma auditoria efetiva e gerar resultados significativos, contribuindo para a transparência, responsabilidade e melhoria contínua na gestão dos recursos públicos.

O planejamento de auditorias na administração pública brasileira segue princípios estabelecidos por órgãos de controle. Esse processo considera a complexidade e diversidade das atividades governamentais, abrangendo passos como definição de objetivos, identificação de riscos, seleção de metodologia e elaboração de plano de trabalho.
Os incluem a complexidade das atividades, desafios de documentação, resistência a auditorias, limitações orçamentárias e mudanças legais. As estratégias incluem uso de especialistas, priorização de áreas críticas, desenvolvimento de relações colaborativas, adaptação a limitações orçamentárias e atualização constante diante de mudanças legais. Essas abordagens visam garantir uma avaliação abrangente e eficaz, melhorando a eficiência e a transparência na administração pública.

O planejamento é a primeira etapa a ser pensada antes das atividades de controle serem iniciadas no âmbito da administração pública, pois é necessário definir as características do que será auditado, quando, por quem e os objetivos a serem alcançados. Para que isso ocorra, é indispensável que sejam avaliados a materialidade, o risco e a relevância das ações auditadas, possibilitando a alocação de recursos e definição de tempo satisfatório para a realização da auditoria.
Os principais desafios enfrentados relacionam-se com a possibilidade do auditor realizar um parecer inaquedado baseado em registros contábeis insuficientes ou incorretos. O conhecimento apropriado sobre o órgão, o acesso irrestrito às informações e sistemas para realizar uma análise com independência e imparcialidade e a revisão do planejamento, caso seja necessário, auxiliam no enfrentamento aos desafios encontrados na execução da auditoria.

O planejamento da auditoria considera as estratégias, os objetivos, as metas da organização, os riscos a que os processos da unidade auditada estão sujeitos, além das expectativas dos destinatários dos trabalhos de auditoria (a alta administração, os gestores e a sociedade). É essencial que o a auditoria, durante o planejamento, concentre seus esforços nas áreas e atividades cujo alcance dos objetivos pode ser mais fortemente impactado por eventos internos ou externos, ou seja, nas áreas de maior risco.
Destacam-se dentre os principais desafios enfrentados no processo de planejamento da auditoria as falhas nos levantamentos preliminares e as falhas na análise dos principais riscos e das medidas de controles existentes. Esses desafios podem ser superados com a revisão do planejamento.